Mikrosiruja valmistettaessa on kiinnitettävä erityistä huomiota käytettävien materiaalien ja tuotantoympäristön puhtauteen. Mitä korkealaatuisempia puolijohteet ovat, sitä matalampia ovat hiukkasia ja kemiallista saastumista koskevat sallitut raja-arvot. Se vaikutta sekä puolijohteiden varsinaiseen tuotantoon, eli mikrosirujen kytkentäpiirien piikalvojen etsaukseen ja myöhemmin yksittäisten mikrosirujen leikkaamiseen, sekä käyttö- ja apuaineiden valmistukseen. Ns. märkäpenkeillä tarkoitetaan tuotantoalueita, joilla piikalvojen pinnat hiotaan ja kytkentäpiirit etsataan puhdistetuilla hapoilla ja happoseoksilla ja huuhdellaan puhdistetulla vedellä.