Antes de tudo, o esgoto municipal é conduzido ao tanque de pré-tratamento. Aqui ocorre inicialmente a limpeza mecânica. Em seguida, o esgoto pré-tratado é conduzido ao tanque de aeração. Na primeira fase da nitrificação, é acrescentado oxigênio em forma de ar comprimido. Desta forma estimula-se o crescimento de bactérias que consomem o oxigênio. Assim forma-se o denominado lodo ativado. Numa segunda fase, a de desnitrificação, não é acrescido oxigênio, de modo que as bactérias anteriormente proliferadas sofrem devido a falta de oxigênio (estresse de oxigênio), e terão que se contentar com outras ligações de oxigênio.